Klinički Centar ima svoje početke u prvoj hospitalnoj zdravstvenoj ustanovi koju je 1866. u Sarajevu osnovao Topal Osman Paša sredstvima Gazi Husref Begovog Vakufa.

Sadašnje mjesto većine objekata Kliničkog Centra Univerziteta u Sarajevu utemeljeno je 1894 godine u dijelu grada koji se zove Koševo. Ova godina, kada je osnovana tadašnja Zemaljska bolnica uzima se kao datum osnivanja Kliničkog Centra.

Od tog perioda, Klinički Centar se, poput sličnih ustanova u svijetu razvijao u svim segmentima svog rada. Primjenjivane su najsuvremenije metode rada, obrazovanja te znanstveno istraživačkog rada na razini multidisciplinarne kliničke ustanove.

U toku agresije na Bosnu i Hercegovine i opsade Sarajeva, 1992-1996 godine, Klinički Centar je svakodnevno granatiran, bez obzira na obilježja i saznanja da se radi o zdravstvenoj ustanovi. Granatiranjem su potpuno uništene Ginekološko akušerska i Pedijatrijska klinika sa pratećim sadržajima kao i Institut za fizijatriju na Ilidži. Institut za vaskularne bolesti i Psihijatrijska bolnica su devastirane nakon povlačenja agresora iz naselja Jagomir. Ogromne štete su pretrpjele klinike na Koševu, na koje je palo preko 350 granata i drugih eksplozivnih naprava.

Ukupne materijalne štete procjenjene su na 34.2% uništenih predratnih kapaciteta sa 1130 bolesničkih postelja, odnosno 76 miliona DEM.

Ubijeno je na liječenju 5 pacijenata, direktnim pogocima granata u bolesničke sobe, a na isti način je 19 pacijenata ranjeno.

Na radnim mjestima i u gradu je ubijen 51 radnik ove ustanove. U toku agresije, uposlenici i pacijenti su iz uništeih ustanova premješteni u sadašnje klinike, reorganziraniranjem kapaciteta rad je nastavljen iako u reduciranom obimu, racionaliziran u kapacitetima, opremi i kadrovima primjereno svjetskim standardima.

U periodu 1992-1995 Klinički Centar je napustilo 2597 radnika. Cijeli ratni period ostao je da radi 2271 radnik te uz 772 novouposlenih, sada ima 3043 uposlenika. 21% su nemedicinski radnici pratećih službi.